2002年成立了内科学教研室、外科学教研室、妇产科学教研室、儿科学教研室、诊断学教研室、神经精神病学教研室、中医学教研室、传染病学教研室、颌面头颈外科学教研室、眼科学教研室、耳鼻咽喉科学教研室、放射诊断学教研室、皮肤性病学教研室13个临床教研室。
1996年医院开始承担东南大学医学院本科四年级理论课班教学工作，每学年1000余课时；承担扬州大学医学院理论课班教学工作，每学年2000课时。
同时承办东南大学研究生院研究生课程班（扬州班48名学员）的教学管理工作，承办东南大学远程教育学院护理专升本（扬州班第一期36名学员 、第二期研修班56名学员、第三期远程班26名学员）的教学管理工作。
医院每年接受南京医科大学、东南大学医学院、扬州大学医学院、第二军医大学南京军医学院、江苏大学技术学院等医学院校本科实习生和其它卫生院校大中专实习生170名左右来院进行临床实习。
我院心内科、影像科作为东南大学硕士生培养点，2003年开始承担硕士研究生的临床带教工作。
内、儿科作为扬州市基层医疗单位内、儿科医师进修培训基地，至今 第九期内儿进修班现已开班，共培养了150名学员，同时每年接受其它专业进修医师70人左右。
